แผนกวิสัญญีวิทยา เดิมเป็นหน่วยหนึ่งในแผนกศัลยศาสตร์ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ ในปี พ.ศ. 2505 ได้แยกเป็นแผนกวิสัญญี โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สภากาชาดไทย ถือเป็นแผนกวิสัญญีแห่งแรกในประเทศไทย มีวิสัญญีแพทย์ประจำอยู่ 11 คน แรกเริ่มที่ทำการของแผนกอยู่ในห้องผ่าตัด ในปี พ.ศ. 2508 ศาสตราจารย์นายแพทย์หม่อมหลวงเกษตร สนิทวงศ์ คณบดี คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ ได้แยกหน่วยวิสัญญีวิทยา ออกจากแผนกศัลยศาสตร์ เพื่อให้เป็นมาตรฐานตามสากลนิยมที่ว่า “โรงพยาบาลชั้นหนึ่ง มหาวิทยาลัย หรือสถาบันการแพทย์ในประเทศที่เจริญแล้ว ย่อมต้องมีแผนกวิสัญญีวิทยาเป็นแผนกอิสระของตนเอง” มหาวิทยาลัย ฯ โดยคณะกรรมการมหาวิทยาลัย ฯ ฝ่ายบริหารสภาการศึกษาแห่งชาติ ได้รับหลักการขออนุมัติแยกหน่วยวิชาวิสัญญีวิทยาออกจากแผนกศัลยศาสตร์ ซึ่งเปิดโอกาสให้มีการแยกแผนกวิสัญญีวิทยาของคณะแพทยศาสตร์ทั้ง 3 แห่งในขณะนั้น แผนกวิสัญญีวิทยา คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ จึงได้รับการสถาปนาขึ้นโดยมีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชกฤษฎีกา เพิ่มแผนกวิชาในมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ พ.ศ. 2508 ตั้งแต่วันที่ 13 พฤศจิกายน พ.ศ. 2508 ซึ่งเป็นวันถัดจากวันประกาศในราชกิจจานุเบกษา
หลังการก่อตั้งแผนกวิสัญญีวิทยา คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ พ.ศ. 2508 ขณะนั้นมีความขาดแคลนวิสัญญีแพทย์อย่างมาก จึงได้มีการฝึกฝนแพทย์ที่มีความสนใจสาขาวิชานี้ เพื่อทำงานเป็นวิสัญญีแพทย์ในเวลาต่อมา ในพ.ศ. 2510 ศาสตราจารย์นายแพทย์นิยม ฉิมะวงษ์ และศาสตราจารย์กิตติคุณนายแพทย์ศริพร วณิเกียรติ ได้ริเริ่มให้มีการเรียนการสอนวิสัญญีวิทยาในลักษณะการบรรยายเป็นประจำ และการอภิปรายปัญหาผู้ป่วยให้แก่ศิษย์ในขณะนั้นซึ่งมีเพียง 3 คน ระยะต่อมาจึงเริ่มมีการเปลี่ยนแปลงพัฒนาการเรียนการสอนเป็นระบบและเป็นสากลมากขึ้น ในปี พ.ศ. 2516 ได้เริ่มเปิดการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้าน เพื่อเป็นแพทย์เฉพาะทางสาขาทางวิสัญญีวิทยาอย่างเป็นทางการและมีหลักสูตรสอนแพทย์หลังปริญญา เพื่อประกาศนียบัตรชั้นสูงทางคลินิก สาขาวิสัญญีวิทยา ของบัณฑิตวิทยาลัย จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
